Ciljno područje ovog Programa je područje zajedničke slovensko-hrvatske granice. Predmetne županije i regije pripadaju teritorijalnim jedinicama NUTS 3 razine. Stoga su prihvatljiva područja NUTS 3 razine u Sloveniji i Hrvatskoj sljedeća:
| SLOVENIJA (statističke regije) | HRVATSKA (županije) |
|---|---|
| Pomurska | Međimurska |
| Podravska | Varaždinska |
| Savinjska | Krapinsko-zagorska |
| Spodnjeposavska | Zagrebačka |
| Jugovzhodna Slovenija | Karlovačka |
| Notranjsko-kraška | Primorsko-goranska |
| Obalno-kraška | Istarska županija |
| Osrednjeslovenska (20%) | Grad Zagreb (20%) |
